Співробітництво України з ІОТА триває з 1999 року. У вересні 2003 року під час 7-ої Генеральної Асамблеї ІОТА, яка відбувалася у м. Таллінн (Естонська Республіка), було схвалено рішення щодо набуття Україною асоційованого членства (затверджено постановою Кабінету Міністрів України від 14 червня 2004 року № 784).
У зв’язку зі змінами в положеннях про членський статус в ІОТА, затвердженими Резолюцією 8-ої Генеральної асамблеї ІОТА «Про членство та стратегію ІОТА», та змінами до Статуту ІОТА, прийнятими під час 9-ої Генеральної асамблеї ІОТА, починаючи з 2006 року, всі податкові адміністрації європейських країн, які були асоційованими членами ІОТА, набули статусу повного члена. Асоційоване членство в ІОТА передбачено лише для податкових адміністрацій неєвропейських країн.
У травні 2006 року в м. Будапешті під час 10-ої Генеральної асамблеї ІОТА у результаті голосування абсолютною більшістю голосів Україну було прийнято у повні члени ІОТА. Повне членство в ІОТА затверджено постановою Кабінету Міністрів України від 27 квітня 2006 року № 582.
У Статуті ІОТА визначено загальні умови членства, функції вищого органу − Генеральної асамблеї, інших установчих та технічних органів, повноваження Президента ІОТА, її Виконавчої ради, внутрішніх аудиторів та Виконавчого секретаря ІОТА.
Під час 20-ої Генеральної Асамблеї ІОТА, яка відбулася у липні 2016 року в м. Бухарест (Румунія), за результатами голосування Україну вперше обрано Президентом ІОТА на 2016/2017 роки. Обов’язки Президента включають в себе головування на щорічній Генеральній Асамблеї, скликання та головування на засіданнях Виконавчої Ради, виконання доручень Виконавчої Ради та Генеральної Асамблеї, а також представлення організації у комунікаціях із зовнішніми партнерами та членами. В рамках головування України в ІОТА у 2016/2017 роках в м. Києві проведено два засідання Виконавчої ради ІОТА, та 28-30 червня 2017 року проведено Генеральну Асамблею ІОТА.
Щорічні програми технічної діяльності ІОТА складаються за участі всіх членів ІОТА. Таким чином кожній податковій адміністрації надається можливість запропонувати для включення до програми саме ті питання, які для неї є найбільш актуальними. Тематичні семінари та симпозіуми охоплюють різні напрями діяльності у сфері податкового адміністрування, починаючи від методів удосконалення роботи у сфері обслуговування платників податків, боротьби з ухиленнями від сплати податків та податковим шахрайством та завершуючи впровадженням найсучасніших інформаційних технологій у процеси прийняття та обробки податкової звітності, аудиту та обліку.
Великою популярністю користуються семінари з вивчення практичного досвіду, під час яких кожен учасник презентує власну практику, а потім під час пленарних дискусій обговорюються шляхи вирішення тих чи інших проблем. У такому форматі регулярно проводяться заходи, присвячені оподаткуванню, трансфертному ціноутворенню, шахрайству з ПДВ.
Важливим напрямом діяльності є робота галузевих груп та форумів ІОТА – заходів, які проводяться на регулярній основі за участі найкращих експертів у відповідних галузях. Завданням таких заходів є розробка та вирішення специфічних питань, підготовка детальних методичних рекомендацій, посібників позитивної практики тощо шляхом проведення постійних активних консультацій. Сьогодні в ІОТА працюють галузеві групи та форуми за напрямами: управління боргом, управління персоналом, комунікацій, використання даних, отриманих від автоматичного обміну інформацією, впровадження плану заходів з протидії BEPS, виявлення та боротьба з шахрайством у сфері ПДВ.
Ефективно працює служба Технічних запитів ІОТА, за допомогою якої податкова адміністрація країни-члена може отримати на свій запит швидку та детальну відповідь, складену на підставі отриманої інформації від інших членів. Заслуговує на увагу веб-сайт ІОТА, через який країни-члени мають доступ до багатьох інформаційних ресурсів, включаючи податкове законодавство зарубіжних країн, публікації та посібники, інформацію про структури, функції податкових адміністрацій та інших державних органів зарубіжних країн. Крім того, ІОТА видає журнал для податківців «Податкова трибуна».
На початку 2018 року Україна приєдналася до реалізації нової ініціативи ІОТА – Опитувальник ISORA.
Опитувальник ISORA – міжнародне дослідження з питань податкових адміністрацій, розроблене ІОТА спільно з Організацією економічного співробітництва та розвитку (ОЕСР), Міжамериканським центром податкових адміністрацій (CIAT) та Міжнародним валютним фондом (МВФ), що є важливою розробкою, яка має на меті спростити збирання даних та покращити міжнародну порівнянність даних серед широкого кола країн.